給与の源泉徴収票のみなし提出｜提出先と処理済み記録の確かめ方

1．適用開始と本人への交付を分けて読む

適用開始と対象年分を確認する国税庁の手引では、令和9年1月1日以降に提出すべき令和8年分以降の給与所得の源泉徴収票について、給与支払報告書を市区町村へ提出すると、税務署に源泉徴収票を提出したとみなされる特例が案内されています。書類の年分と実際に提出する日を、別の項目として記録するところから準備を始めます。

本人への交付が残ることは、国税庁の提出範囲の案内で確認できます。みなし提出の特例により市区町村に給与支払報告書を提出した場合であっても、すべての受給者に対し、その年の翌年の1月31日まで（年の中途で退職した方の場合は、退職の日以後1か月以内）に源泉徴収票を交付しなければならないとされています。提出先への手続きが終わったことと、本人へ渡したことを同じ完了欄にまとめると、後から未処理を探しにくくなります。交付担当と完了を記す担当を先に決めておくとよいです。

2．住所・期限・提出書類をそろえる

提出先と期限の確認に使う京都市の案内では、令和8年中の給与について、給与支払報告書を令和9年2月1日までに、受給者の令和9年1月1日現在の住所地の市町村へ提出するとされています。年の途中で退職した人については、退職時の居住地の市町村が提出先として示されています。住所に変更がある人は、どの時点の住所を確認したかも控えに添えます。

給与支払報告書には、提出する市町村ごとの総括表を添えます。また、令和7年に提出すべき所得税の源泉徴収票の枚数が30枚以上あった事業者は、令和9年に提出する給与支払報告書を電子申告（eLTAX）又は光ディスクにより提出する義務があると案内されています。用意した書類だけでなく、選んだ提出方法も確認対象です。提出する自治体の案内をそろえ、適用や枚数の判定は専門家に確認します。

3．受付結果を見てから処理済みを記録する

受付の確認方法を調べる国税庁Q&Aでは、支払報告書を市区町村に提出した後、税務署から「みなし提出」の通知等は届かないとされています。eLTAXで市区町村への提出が完了すると、メッセージボックスの「申告受付完了通知」を、PCdesk等の「メッセージ照会」画面から確認できます。

社内記録には、確認した結果と提出した控えの保存先を対応させて残します。ファイルの作成日や送信操作をした日時だけで完了とせず、どの提出先のどの内容について結果を見たかが分かる形にするとよいです。

旧手順との取り違えを防ぐために読む国税庁の特設ページでは、源泉徴収票と支払報告書を同時に作成・提出する「eLTAXでの電子的提出の一元化機能」は、令和8年9月に終了したと案内されています。前年の操作メモは、そのまま完了確認の基準にせず、更新担当と確認箇所を記して引き継ぎます。

4．社内の一覧は控えと確認者が追える形にする

ここからは当社の整理です。

記録は作業した人の記憶に頼らず、確認者が同じ資料へ戻れる形で残します。以下は記録欄の見本です。社内で使う一覧の項目案であり、提出用の様式や法定の保存方法を示すものではありません。

空欄のまま残すより、「確認待ち」と理由を記すほうが引き継ぎやすくなります。未完了の項目には担当者と次に確認する相手を添え、提出済みの控えと編集中のファイルを取り違えない保存名にします。全体の完了を記す前に、受付結果と交付の記録を別々に見返す流れです。

5．訂正や別の書類があるときは確認先を分ける

みなし提出後にeLTAXで提出した支払報告書を訂正するときは、提出区分を「訂正」にして再提出する扱いです。光ディスク等又は書面の訂正方法は自治体ごとに異なるため、提出先の市区町村に確認します。修正前の完了記録を消すだけで終えず、修正後の控えと受付結果へたどれる対応を残すとよいです。

給与所得の源泉徴収票以外の法定調書のうち、合計表を兼用する５つの法定調書（退職所得の源泉徴収票など）のいずれかを税務署へ提出する場合には、兼用様式である「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」の提出が引き続き必要になる点にも留意します。提出先での受付方法の疑問と、提出義務や適用の判断は分けて整理します。判断が必要な項目は、対象年分・提出する書類・控え・気になる点をそろえて専門家に確認します。

6．確認表

公開・共有の前に、この表で確かめます。

7．自社の事務の手順まで形にしたいとき

ここまでの確認を、自社の事務の手順書や、AIの結果を確かめる検査まで形にしたい場合は、当社のように、手順と検査の設計まで行う相談先が選択肢になります。オンラインは全国から対応しています。

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