年末調整で源泉税の納付額がゼロに｜計算書の記載と提出の進め方

要点

年末調整の精算で納付額がゼロになっても、所要事項を記入した所得税徴収高計算書を所轄税務署へ提出します。電子提出では、合計額を０円と入力したデータを作成してe-Taxへ送信します。計算の確認から提出記録の保存までを、担当者間で引き継げる形にまとめるとよいです。

公開：2026年11月4日／情報の確認日：2026年11月4日（出典はこの記事の最後）

この記事は、年末調整の精算で源泉税の納付額がゼロになった小さな会社の経理・事務担当者が、所得税徴収高計算書の記載と提出、期限と控えの残し方を公式資料で確かめるためのものです。

公式ページ・公式ヘルプなどの一次資料を2026年11月4日に確かめました。機能や制度は変わることがあるので、使う前に各ページで最新の状態を確認してください。法律・税務・労務の判断や、効果を約束するものではありません。

例は説明のための架空の例です。確認表や作例は、当社の考えをまとめたもので、公式の機関が示しているものではありません。制度や規約の内容は出典の公式ページで確かめ、個別の判断は専門家に確認してください。

1．精算が済んだら計算書の提出へ進む

確認日：2026-11-03

以下は、各出典の説明を編集・整理して作成しています。

年末調整の計算後、過納額や不足額を精算した内容は、その精算をした月分の所得税徴収高計算書に記載します。納付税額がない計算書は金融機関では取り扱わないため、提出先は所轄税務署です。振込の予定表だけを見るのではなく、提出する書類の準備まで進んだかを確かめるとよいです。

この後の事務では、集計の完了と提出の完了を別の状態として管理します。「計算済み」のメモだけでは、提出待ちの書類が残っているか分かりません。誰が内容を確認し、誰が提出するのかまで記録しておくと、担当者が休んだ場合にも引き継ぎやすくなります。

2．記載欄には実際に精算した額を写す

過納額を充当又は還付した金額は「年末調整による超過税額」欄に記載します。不足額を徴収した金額は「年末調整による不足税額」欄に記載します。電子入力の記載要領でも、その月に実際に徴収した不足額の合計額又は還付した超過額の合計額を、該当欄に入力する扱いです。集計で求めた額と、すでに精算した額とを、元の記録で照合しておきます。

合計額だけで入力を終えない

ここで扱う電子入力の欄は、「給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書（一般）」のものです。自社で使う区分や用紙は、承認状況と合わせて専門家に確認します。

「俸給、給料等」の「人員」には支給した実人員を入力します。同じ区分の「支給額」には、支給した給与等の総額を入力します。金額の最終結果だけを転記する進め方では、元の集計との照合がしにくくなります。記入の途中で判断に迷った欄は、自己判断で埋めず、確認待ちとして担当者へ戻すとよいです。

マイナスの入力エラーと計算の判断を分ける

e-Taxの公式FAQでは、本税にマイナスの金額を入力すると「値が範囲外です」となり、計算書の作成を完了できないと案内しています。エラーの解消だけを目的に金額を変えると、元の記録との対応が分からなくなります。入力する額や残額の扱いは専門家に確認し、回答と修正理由を残します。

3．電子提出は送信後の通知まで確かめる

e-Taxの公式FAQは、合計額（納付税額）を０円とした徴収高計算書データを作成し、送信するよう案内しています。一般分の作成・送信手順では、送信後に即時通知を確認し、必要に応じて保存や印刷を行って、受信通知の確認へ進みます。受信通知の確認後に行う納付手続の操作は、納付税額が０円の場合は不要とされています。

保存した下書きがあるかどうかと、提出が済んだかどうかを、同じ印で管理しないことが大切です。作成者が保存先を伝え、確認者が提出済みの記録を見られる状態にします。処理結果を口頭だけで伝えず、後から書類と照合できる形で残すとよいです。

4．担当者・確認者・提出者の受け渡しをそろえる

担当が少ない職場では、同じ人が集計から提出まで受け持つこともあります。その場合も、準備中・確認待ち・提出済みを分けると、どこで止まっているかを見渡せます。次の表は、書類を受け渡す際の管理項目です。

場面	担当	用意するもの・残すこと
集計がそろったとき	作成者	対象期間、元の集計、精算の記録、照合箇所
提出する前	確認者	記載内容と元の記録の対応、未解決の欄、確認した人
内容が確定したとき	提出者	提出予定日、提出先、確定した書類の保存先
提出が済んだとき	提出者・確認者	提出日、提出した内容、受付を確認できる記録

表を埋めること自体を目的にせず、受け取った人が元の書類に戻れるかを確かめます。修正があった場合は、以前の下書きと提出した内容を取り違えないよう、提出した版が分かる保存方法にそろえるとよいです。確認待ちの項目には、照会先と返答待ちの内容を添えておきます。

5．期限と控えを対象年分の案内で確認する

納付税額がない場合も、計算書の提出期限は原則１月10日、納期の特例の承認を受けている場合は１月20日で、土日・祝日等に当たるときは休日明けです。令和８年分の年末調整に係る納期限は、納期の特例の承認がない場合は令和９年１月12日（火）、承認がある場合は令和９年１月20日（水）です。前年の予定をそのまま使わず、対象年分と自社の承認状況を担当者間で照合します。

税務署は令和７年１月から控えへの収受日付印の押なつを行わず、納付税額がない所得税徴収高計算書の写しも同じ取扱いです。国税庁は、必要に応じて控えを作成・保有し、提出年月日を記録・管理するよう案内しています。e-Taxの受信通知では、提出者の氏名又は名称、受付番号、受付日時等を確認できます。

具体的な計算や記載内容に迷う点は、上記の公式資料と元の集計を示して、専門家に確認します。問い合わせる際は、どの欄で迷ったか、元の記録のどこを見たかを添えると、確認事項を伝えやすくなります。

6．確認表

公開・共有の前に、この表で確かめます。

確認	確かめること
□	集計・精算の内容と、提出する計算書の記載を照合したか
□	確定した額と、まだ確認が必要な額を分けて記録したか
□	対象年分の期限と、自社の承認状況を照合したか
□	提出先と提出予定日、担当者を共有したか
□	下書きの保存と提出の完了を区別して確認したか
□	提出した版の控え、提出日、受付を確かめる記録を残したか

7．自社の事務の手順まで形にしたいとき

ここまでの確認を、自社の事務の手順書や、AIの結果を確かめる検査まで形にしたい場合は、当社のように、手順と検査の設計まで行う相談先が選択肢になります。オンラインは全国から対応しています。

自社の事務のどこから確認を入れるかを相談したい場合は、初回無料相談をご利用ください。法律・税務・労務の判断や、効果の約束は行いません。

出典（確認日：2026年11月4日）

令和8年分年末調整のしかた「税額の納付と所得税徴収高計算書（納付書）の記載」：実際に精算した額を記載する欄を確認するために引用しました。
令和8年分年末調整Q＆A〔問14〕：納付税額がない場合の提出期限と、金融機関で取り扱わないことを確認するために引用しました。
e-Taxソフト（WEB版）記載要領等：人員・支給額と、実際に精算した額を入力する欄を確認するために引用しました。
所得税徴収高計算書（源泉所得税）の作成・送信から納税まで、一連の画面操作でできるのですか。：送信後の通知の確認と、ゼロ円の場合の納付操作を確認するために引用しました。
「年末調整による超過税額」を入力すると、源泉所得税及復興特別所得税の納付税額がマイナスの金額となり「値が範囲外です」のエラーが表示されます。：本税にマイナスの金額を入力できないことを確認するために引用しました。
源泉所得税及復興特別所得税の納付税額が０円となる場合でも徴収高計算書データの送信は必要ですか。：合計額をゼロ円としてデータを作成・送信する方法を確認するために引用しました。
令和8年分年末調整のしかた「表紙・目次」：対象年分の具体的な納期限を確認するために引用しました。
令和８年分年末調整のしかた（手順などの説明）：精算後も納付税額がない計算書を提出することを確認するために引用しました。
令和７年１月からの申告書等の控えへの収受日付印の押なつについて：控えの保有、提出日の管理と受信通知による受付確認の方法を確認するために引用しました。