源泉所得税を納めすぎたときの還付請求｜添える資料と準備の順序

1．請求の対象と使う書類を確かめる

国税庁「源泉所得税及び復興特別所得税を納め過ぎたとき」は、令和8年4月1日現在の法令等に基づく案内です。この案内では、源泉徴収義務者による税額の計算誤り等で生じた過誤納金が、還付請求できる額の例に挙げられています。同じ案内では、過誤納金が給与や賞与に係るものであるときは、還付請求書に代えて「源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額充当届出書」を提出することで、その過誤納金に相当する金額を、届出書を提出した日以後に納付すべきこととなる給与や賞与に対する源泉所得税および復興特別所得税の額から控除できるとしています。また、同じ案内の概要には、令和9年分以後は源泉所得税、防衛特別所得税および復興特別所得税が対象になると注記されています。自社の誤りに当たるか、どの金額を対象とするか、還付請求と充当のどちらによるかは、元の記録を示して専門家に確認します。

手続案内では、誤って多く納付した源泉徴収義務者が、その過誤納金の還付を受けようとする場合を対象としています。使用する書類の名称は「源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額還付請求書」です。準備に入る段階では、どの支払いと納付について疑いがあるのかを区別しておきます。支払先とのやり取りや、担当者の記憶だけで内容を決めず、残っている記録を集めるところから始めるとよいです。

2．納付の控えと帳簿の写しをそろえる

手続案内の添付書類には、還付を受けようとする税額を納付した際の徴収高計算書の写しが挙げられています。もう一方は、誤納額が生じた事実を記載した帳簿書類の写しで、総勘定元帳の「預り金」勘定部分などが例示されています。添付資料を探すときは、納付した内容が分かる控えと、その誤りを説明する帳簿の該当部分を対応づけます。金額が似ている資料を集めるだけでは、どの納付について説明しているのかが曖昧になります。

納付記録の説明には書き分けがある

記載要領の注記では、還付内容の確認等に当たり、納付時の所得税徴収高計算書の写しや、電子納税の場合の納付区分番号を確認する場合があるとしています。納付の控えは、提出時の添付と、内容確認への対応の両方を見据えて手元にそろえておくとよいです。

社内で資料を束ねる際は、どの控えにどの帳簿の部分が対応するかを示す索引を付けておきます。元の帳簿と社内の説明用メモを区別し、説明のために追加した言葉が元の記録に見えないようにします。写しの端が切れていたり、該当箇所が判別しづらかったりする場合は、元の資料まで戻って確かめます。

3．理由欄につながる経過をまとめる

記載要領では、「誤納を生じた理由」欄に、誤納を生じた理由を簡記する扱いです。書類に記入する前に、何を見て誤りに気づいたか、元の処理はどうなっていたか、その後に何を確認したかを整理します。判明している事実と、まだ確認を終えていない推測を分けることが大切です。

理由を長い文章にするより、対応する資料の場所が分かる状態に整えると、確認する人が経過をたどれます。説明用メモには、参照する資料名、該当箇所、確認待ちの点を残します。口頭で受けた回答も、後から同じ内容を確かめられるよう記録するとよいです。

「還付を受けようとする金額」欄には、「誤納額の計算内容」欄で計算した差引誤納額を記載するとされています。金額の確定や計算の判断は専門家に確認します。担当者は、確かめた内容をどの資料から転記したのか分かるようにし、確認済みの内容と未解決の内容を混ぜない形で引き継ぎます。

4．資料を集める担当と確認する担当を決める

ここからは当社の整理です。

少人数で進める場合も、資料を集めたことと、内容の確認が終わったことを分けて記録するとよいです。同じ人が担当する場合は、作業を終えるたびに状態を書き換えます。下の表は、社内で役割を決めるための整理です。

添付する資料と、社内の確認に使うメモは分けて管理します。確認の途中で説明を直したときは、どこを変えたかも残します。集めた人以外が読んで対応する資料を探せるかを確かめると、担当者が不在のときにも引き継ぎやすくなります。

確認が済んだ資料は、提出用として区別しておきます。修正前の写しを同じ場所に置く場合は、使う版を明示するとよいです。問い合わせを受けた後は、何を聞かれ、どの資料を示し、誰が回答したかまで同じ記録に追記します。

5．提出時期と方法を確かめてから進める

国税庁の手続案内では、提出時期は特に定められていませんが、納付した日から5年間の間に提出しないと、時効により請求権が消滅するとされています。誤りに気づいた日だけで管理せず、納付した記録を確かめたうえで、提出までの予定を組みます。期限の個別の扱いに迷う場合は、資料を示して専門家に確認します。

公式の提出方法では、e-Taxソフトで還付請求書を作成・提出する方法が案内されています。同じ案内では、書面で作成する場合は、還付請求書を添付書類とともに提出先へ持参または送付するとされています。提出先は、源泉所得税の納税地の所轄税務署と案内されています。書類を集める段階で提出方法も決め、内容を確認する担当と提出する担当の間で予定を共有するとよいです。

国税庁の相談窓口案内では、国税に関する相談に各国税局の「電話相談センター」で職員等が対応するとしています。問い合わせの前には、説明できる経過と、回答を得たい点を短く整理します。資料の集め直しで解決できる点と、扱いや金額の判断が必要な点を分け、後者は専門家に確認します。

6．確認表

公開・共有の前に、この表で確かめます。

7．自社の事務の手順まで形にしたいとき

ここまでの確認を、自社の事務の手順書や、AIの結果を確かめる検査まで形にしたい場合は、当社のように、手順と検査の設計まで行う相談先が選択肢になります。オンラインは全国から対応しています。

自社の事務のどこから確認を入れるかを相談したい場合は、初回無料相談をご利用ください。法律・税務・労務の判断や、効果の約束は行いません。