源泉税の誤納額を今後の納付に充当するときの届出と提出後の記録

要点

給与等の誤納額を今後の納付に充当する手続は、「源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額の充当届出」です。届出書を作成し、添付書類とともに持参または送付します。提出の準備と、提出後に支払い担当へ渡す記録を続けて整えるとよいです。

公開：2026年11月5日／情報の確認日：2026年11月5日（出典はこの記事の最後）

この記事は、給与や賞与の源泉所得税を納め過ぎ、今後の納付への充当を考えている小さな会社の担当者が、届出書の書き方・添付資料・提出先と、提出後に残す記録を確かめる流れをまとめたものです。

公式ページ・公式ヘルプなどの一次資料を2026年11月5日に確かめました。機能や制度は変わることがあるので、使う前に各ページで最新の状態を確認してください。法律・税務・労務の判断や、効果を約束するものではありません。

例は説明のための架空の例です。確認表や作例は、当社の考えをまとめたもので、公式の機関が示しているものではありません。

1．給与・賞与の誤納額と、届出後の納付を結び付ける

確認日：2026年11月4日

国税庁の「No.2506」は令和8年4月1日現在の法令等に基づく案内です。この案内では、源泉所得税および復興特別所得税について、令和9年分以後は源泉所得税、防衛特別所得税および復興特別所得税とする注記があります。給与や賞与に係る過誤納金なら、還付請求書に代えて誤納額充当届出書を出す方法があり、届出書の提出日以後に納める給与・賞与の源泉所得税および復興特別所得税の額から、その過誤納金に相当する金額を控除できるとされています。

一方、届出書の記載要領は、給与所得以外の税金の誤納額について、別様式による還付請求を案内しています。充当できるかどうかは専門家に確認し、担当者は、何の支払いで誤りが生じたかを元資料から説明できるようにします。還付のための資料づくりに話を広げず、ここでは充当を進める場合の届出準備を扱います。

また、記載要領は、充当が長期間、具体的には「おおむね３月以上」にわたる場合、別様式で還付を請求するよう案内しています。充当を考えた段階で、見込む期間や金額を専門家に確認します。

2．届出書には計算の内容と誤りの理由を記す

国税庁の「源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額充当届出書の記載要領等」には、届出書の各欄の書き方が示されています。「充当しようとする誤納額」欄に記すのは、「誤納額の計算内容」欄で計算した差引誤納額です。「誤納を生じた理由」欄には、誤納が生じた理由を簡潔に記します。

届出者の氏名・名称、住所・所在地、代表者氏名を記載するのが基本ですが、対象となる事務所等の所在地が届出者の住所や本店等と異なる場合は、対象となる事務所等の名称と所在地を記します。差額の計算そのものや、その額を充当できるかどうかは専門家に確認し、事務担当者が推測で埋める部分を残さないようにします。

金額だけが転記され、どうして差額が出たのかが別の担当者に伝わっていないと、確認のやり取りを元からたどり直すことになります。元資料の保管場所、誤りに気付いた経緯、専門家に確認した回答を一緒に整理しておくと、下書きの確認を依頼しやすくなります。

3．添付資料は手続案内と記載要領を照らし合わせる

国税庁の手続案内「A2-19」は、添付書類として、充当をしようとする税額を納付した際の徴収高計算書の写しを挙げています。もう一つは帳簿書類の写しで、誤納額が生じた事実の記載があるもの（例として総勘定元帳の「預り金」勘定の部分など）とされています。

一方、記載要領では、届出書に添付するものとして帳簿書類の写しを挙げ、その注記で、所得税徴収高計算書の写しや、電子納税の場合の納付区分番号について、届出内容の確認等に当たり確認する場合があるとしています。準備する資料と提出する資料の範囲は、提出先に確認するとよいです。

提出先は源泉所得税の納税地を管轄する税務署で、手続案内にある方法は、添付書類を付けた届出書の持参または送付です。控えには、提出した本文と添付資料を組み合わせて残し、提出日や提出方法も同じ場所で追えるようにします。

4．準備・提出・支払いの引継ぎを途切れさせない

ここからは当社の整理です。

提出のために集めた資料は、提出後の担当者にも分かる形で残します。準備した人と支払いを扱う人が同じ場合でも、作業の状態を分けて書き、下書きを作った段階で提出済みと受け取られないようにするとよいです。次の表は役割の整理で、同じ担当者が兼ねても構いません。

場面	担当する役割	用意・保存するもの
準備を始めるとき	事務担当	元資料の所在、誤りに気付いた経緯、専門家への確認事項
内容を確かめるとき	確認を依頼する人	計算の確認結果、説明文の下書き、回答が残った記録
提出するとき	提出担当	提出内容と添付資料の控え、提出日、提出方法の記録
支払いを引き継ぐとき	支払い担当	確認済みの処理内容、未回答の事項、作業が済んだか分かる記録

資料の名前だけでなく、どの資料のどこを見るかまで分かると、引継ぎ先が探す負担を抑えられます。回答待ちの事項は空欄のままにせず、誰に確認中なのかを添える形が考えられます。

保存した控えと作業中の下書きは区別し、後から差し替えた際には、どの内容を提出したのかが分かる状態を保ちます。提出後の問い合わせを受けたときも、社内の説明と提出した説明を照らし合わせやすくなります。

5．提出時期と、充当した金額の記録を確かめる

国税庁の手続案内「A2-19」では、提出時期は「特に定められていません」とされています。ただし、No.2506では、還付請求等は原則として納付した日から5年を過ぎると、時効により手続ができなくなると注意しています。いつまでに進めるか迷う場合は、納付した日と準備の状況を添えて、提出先や専門家に確認します。

充当した金額については、記載要領に、所得税徴収高計算書の摘要欄へ充当金額何円と記載する案内があります。記載と照合の担当を決め、確認済みの処理内容と実際に作成した書類を結び付けて残すとよいです。

提出できたことだけで作業を閉じず、担当者への引継ぎと処理後の照合まで終わったかを記録します。問い合わせへの回答が届いた場合も、最初の確認メモだけに残さず、処理に使う資料へ反映されたかを確かめると、保留事項を追いやすくなります。

6．確認表

公開・共有の前に、この表で確かめます。

確認	確かめること
□	元資料から、誤りが生じた支払いの内容を確認したか
□	使う手続と金額、見込む期間を専門家に確認したか
□	届出内容の下書きと、計算を確認した記録を照らし合わせたか
□	添付する資料の範囲と提出先を確認したか
□	提出した書類の控えと、提出日・提出方法の記録を保存したか
□	支払い担当への引継ぎと、処理後の照合を済ませたか

7．自社の事務の手順まで形にしたいとき

ここまでの確認を、自社の事務の手順書や、AIの結果を確かめる検査まで形にしたい場合は、当社のように、手順と検査の設計まで行う相談先が選択肢になります。オンラインは全国から対応しています。

自社の事務のどこから確認を入れるかを相談したい場合は、初回無料相談をご利用ください。法律・税務・労務の判断や、効果の約束は行いません。

出典（確認日：2026年11月5日）

No.2506　源泉所得税及び復興特別所得税を納め過ぎたとき：充当の対象、提出日以後の控除、時効の注意
源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額充当届出書の記載要領等：長期間の充当、対象外の税金、記載欄、確認時の資料、摘要欄
A2-19　源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額の充当届出：手続の名称、提出時期・方法・提出先、添付書類