事業を廃止したとき、インボイス登録の終了に必要な届出は？

要点

事業廃止に伴うインボイス登録の終了には、「事業廃止届出書」を提出し、登録取消を求める届出書は使いません。提出時期は「事由が生じた場合、速やかに」とされています。廃止に当たるかを専門家に確認したうえで、書類の作成、提出、控えの保管へ進みます。

公開：2026年11月5日／情報の確認日：2026年11月5日（出典はこの記事の最後）

この記事は、事業の廃止に合わせてインボイス登録を終えたい小さな会社や個人事業の担当者が、事業廃止届出書・提出時期・効力が失われる日と、専門家へ確認する点を確かめる流れをまとめたものです。

公式ページ・公式ヘルプなどの一次資料を2026年11月5日に確かめました。機能や制度は変わることがあるので、使う前に各ページで最新の状態を確認してください。法律・税務・労務の判断や、効果を約束するものではありません。

例は説明のための架空の例です。確認表や作例は、当社の考えをまとめたもので、公式の機関が示しているものではありません。

1．届出の入口は「事業の廃止」に当たるか

国税庁の「適格請求書等保存方式に関するQ&A」の問14では、事業者が事業を廃止した場合、「事業廃止届出書」を納税地を所轄する税務署長に提出する義務があるとしています。一方、事業廃止届出書の記載要領では、法人の休業又は解散は事業を廃止した場合に該当しないため、この届出書を提出する必要はないとしています。

国税庁の提出書類の案内には、事業の一部廃業のため、インボイス発行事業者の登録を取り消さない場合、この届出書の提出は不要との注記があります。

同じQ&Aの登録時期の特例の説明では、個人事業者が法人を設立して事業を開始する場合（引き続き個人事業者として事業を継続する場合を除く）は、新たに設立された法人としての手続に加えて、個人事業者としての廃業の手続（「事業廃止届出書」の提出）が必要になるとしています。

ここからは当社の整理です。社内の「店を閉める」「営業を休む」という表現だけで書類を選ばず、現在の事業の状況と専門家の回答をそろえます。担当者が判断に迷う点は、事実と質問に分けて渡すとよいです。

2．提出する日と、登録の効力が失われる日は別に記録する

事業廃止届出書の提出時期は「事由が生じた場合、速やかに」で、手続案内に一律の日数は示されていません。事業廃止届出書を提出した場合、適格請求書発行事業者の登録の効力が失われるのは、事業を廃止した日の翌日です。同じ問14の注では、これらの届出書を提出していない場合であっても、税務署長は、事業を廃止したと認められる場合に登録を取り消すことができるとしています。

事務の記録では、廃止した日、提出予定日、提出した日を混ぜないようにします。予定を書き込んだだけの段階と、提出を終えた段階が分かれば、後任者も進み具合を追えます。効力が失われる日について専門家から受けた回答も、提出した日とは欄を分けて残すとよいです。

確認が止まっている場合は、回答を待つ事項と、次に連絡する担当を明らかにします。提出予定を立てる人と、実際に提出する人が違う場合は、予定の変更を伝える相手まで決めておきます。

3．用紙の記載要領と提出先をそろえる

事業廃止届出手続の案内には、「事業廃止届出書」と「記載要領」が掲載されています。記載要領では、「事業廃止年月日」欄に事業を廃止した年月日を記載します。

「納税義務者となった年月日」欄には、先に提出した「消費税課税事業者選択届出書」、「消費税課税事業者届出書（基準期間用）」又は「消費税課税事業者届出書（特定期間用）」の「① 適用開始課税期間」欄の初日を記載します。手元の書類で確かめられない項目は推測で埋めず、過去に提出を担当した人や専門家に確認します。

国税庁の手続案内は、パソコンからe-Taxソフトをダウンロードして届出書を作成・提出する方法を案内しています。書面で作成し、持参又は送付によって提出する方法もあり、提出先は納税地を所轄する税務署長です。

書類を作る人が提出先まで確認し、提出を担う人へ引き継ぎます。下書きと提出した版の置き場所も分けておくと、修正前の内容を取り違えにくくなります。

4．誰が何を確認したかを、控えと一緒に残す

作業を兼務する場合も、確認と提出の役割を分けておくと進み具合を共有できます。以下は社内の担当を決めるための整理表です。

役割	動く時点	この届出で行うこと	残す記録
事業の状況を説明する人	書類を準備する前	営業を終えた範囲と継続する活動（一部の廃業か、法人の休業・解散か）の事実をまとめる	専門家へ渡した事実関係
専門家との連絡担当	着手前と不明点が出たとき	事業廃止届出書の要否、廃止した日、廃止後の申告の扱いを確認する	質問、回答、回答者、回答日
書類の作成担当	回答がそろった後	「事業廃止年月日」と、過去の届出書の控えから写す「納税義務者となった年月日」を照合する	下書き、照合した控え
提出担当	内容の確認後	e-Taxか書面（持参・送付）かを決め、確認済みの版を提出して社内へ報告する	提出した版、提出日、送付等の記録
保管担当	提出後	控え、専門家の回答、申告の担当へ引き継ぐ事項をまとめる	保管先、残っている確認事項

回答待ちの事項がある状態と、確認を終えて提出を待つ状態を分けます。控えの保管先だけでなく、その内容を誰が確認したかまで分かる形にすると、後から同じ質問をやり直す負担を抑えられます。

5．登録の終了と、申告の確認を分けて専門家に渡す

記載要領では、課税事業者が事業を廃止した場合、その廃止の日の属する課税期間に係る消費税の申告が必要です。提出した控えをまとめる際は、申告を担当する専門家への引き継ぎ事項も分けて残します。

個人事業者向けのタックスアンサーでは、事業廃止届出書を提出した場合、同ページに列挙された不適用届出書等の提出があったものと取り扱われるとしています。自社が過去に提出した書類をそろえ、追加の手続が必要かは専門家に確認します。

相談時には、事業の現状、過去の届出の控え、今回の下書き、回答を待っている事項をまとめます。事業廃止に該当するか、必要な届出の組合せ、申告の対象や税額は、公式資料を示して税理士などの専門家に確認する事項です。

6．確認表

公開・共有の前に、この表で確かめます。

確認	確かめること
□	終了した活動と継続する活動を整理し、手続の対象について専門家に確認したか
□	使用する書類と、追加の手続の要否を確認したか
□	廃止した日、提出予定日、提出した日、効力が失われる日の記録を分けて用意したか
□	記入に使う過去の控えをそろえ、不明点を専門家に確認したか
□	選んだ提出方法に合う宛先を確認したか
□	提出した版、提出日の記録、専門家の回答を保管したか
□	申告を担当する専門家への引き継ぎと、残っている確認事項の共有を済ませたか

7．自社の事務の手順まで形にしたいとき

ここまでの確認を、自社の事務の手順書や、AIの結果を確かめる検査まで形にしたい場合は、当社のように、手順と検査の設計まで行う相談先が選択肢になります。オンラインは全国から対応しています。

自社の事務のどこから確認を入れるかを相談したい場合は、初回無料相談をご利用ください。法律・税務・労務の判断や、効果の約束は行いません。

出典（確認日：2026年11月5日）

適格請求書等保存方式に関するQ&A・Ⅱ 登録制度／1 登録手続（問14：令和5年10月改訂）：事業廃止時の提出義務と登録の失効日、法人成りの場合、未提出でも取消しがある注
事業廃止届出書の記載要領等：法人の休業・解散の扱い、記載事項、廃止後の申告
インボイス発行事業者の登録を取り消す場合などに提出すべき書類（令和6年5月）：事業の一部廃業で登録を取り消さない場合の取扱い
D1-14 事業廃止届出手続：提出時期、電子・書面の作成提出方法、提出先、様式と記載要領
No.6603 個人事業者が事業を廃止した場合（令和8年4月1日現在法令等）：事業廃止時に用いる書類の区別、個人事業者の他の届出との関係